Pour éviter un vide constitutionnel le 31 octobre 2004, des élections générales doivent avoir lieu, tel que l’accord d’Arusha le prévoit. Mais suite à des problèmes d’ordre matériel et législatifs, les élections ont été reportées au cours de l’année 2005. Tout d’abord, pour entrer dans la période post‐transition, le Burundi devait se doter d’une nouvelle Constitution validée par un référendum, et également d’un code électoral et communal.

Ces élections se déroulent toujours dans un contexte de guerre civile car le FNLPALIPEHUTU est toujours officiellement en guerre contre le gouvernement burundais. Le contexte est très dangereux étant donné la présence dans certaines communes de la guerre et parce que la population est fortement armée. Lors de ces élections, la donne politique a changé par rapport aux élections de 1993 : l’adversaire redoutable du FRODEBU en 2005, n’était plus l’UPRONA mais le CNDD‐FDD. Le FRODEBU pour discréditer le CNDDFDD, mettait en avant les tueries et les exactions commises par l’ancienne rébellion, et le CNDD‐FDD accusait le FRODEBU de s’être enrichi sur le dos de la population tout au long de sa cohabitation avec l’UPRONA.

A la suite de ce processus électoral, la victoire du CNDD‐FDD a été confirmée par la CENI et tous les Observateurs indépendants. Mais on peut remarquer qu’au Burundi, souvent après une défaite, les partis politiques ont du mal à la digérer et préfèrent appeler au boycott des futures élections où encore ne pas présenter de candidats plutôt que d’être confrontés à une nouvelle défaite électorale. C’est ainsi que le président du parti FRODEBU appela ses militants à une résistance contre le CNDD FDD et en les incitant à la révolte et en les préparant à s’affronter aux forces de l’ordre comme s’il y avait une guerre en préparation.